影视解说：你知道刘建明最后敲击的摩斯密码是什么意思吗？
精神错乱将自己想象成陈永仁。
刘建明，这是你最后的机会。你刘建明我要拘捕你你干什么？你干什么？刘建明在那边你干什么？我不想做韩琛的人。你干什么？刘建明被心理医生阿琳催眠后刘建明说出自己的卧底身份。阿琳也很意外时间回到2002年，今天是韩琛和沈澄交易的日子。韩探命令陈永仁到码头与沈澄交易，黄志成也得到消息在警局安排抓捕任务。但杨锦荣突然带人闯入要求黄志成取消行动。黄志成和韩琛斗了那么多年等的就是这个机会，他不想轻易放弃。
当他询问原因时上司进来告诉他一切都听杨锦荣指挥。黄志成别无选择。回到2003年此时的刘建明完全把自己带入了陈永仁的角色。他等安保科的人喝了昏迷的水后就开始了自己的行动。
他看到杨锦荣开车离开后换好衣服潜入了杨锦荣的办公室，根据他之前画的解锁图案成功地打开了保险箱。拿出了他想要的录音带，随后迅速爬出窗户。拿到录音带后刘建明迫不及待地听着里面是杨锦荣和韩琛的对话。刘建明认为自己终于找到了杨锦荣是卧底的证据，于是直接带人闯入安保科办公室准备逮捕。
杨锦荣兴奋地从口袋里拿出录音袋。刘建明刚走出办公室时，这里有一个细节，他把偷杨锦荣的录音带放在右边的裤子口袋里。但现在他从左边的口袋里拿出一盒录音带。这表明他现在精神混乱，把自己当作陈永仁。
就在这时沈辰来到安保科，他为什么来安保科时间又回到了2002年。韩琛要和沈澄交易的那晚韩琛还是不信任沈澄，还在怀疑他是卧底警察。于是准备牺牲陈永仁让他一个人去交易。他没有带傻强去码头交易现场箱子全是空的，这也是对沈澄的最后一次考验。
我第一次让小弟打爆你弟弟的头，你不和我翻脸，让我以为这是你的肚量。第二次我让小弟和你交易，你还没有发火。你为合作表现出了最大的诚意，但我现在直接给你空箱子扣了你的货，又玩你一次，我想看看你是怎么处理的，如果你再放过我的小弟，你10，000%有问题。沈澄自然也明白，这就是韩琛给他下的套，没办法只能让手下开枪。
在高速公路上，韩琛也对傻强说了实话，他准备让陈永仁去领盒饭，如果他发现沈澄是卧底就会逃跑，如果沈澄不是卧底，他会把货还给他继续交易，所以陈永仁会挂在码头上。
沈澄和陈永仁的较量已经到了最关键的时刻，两人都判断了对方的位置，同时用枪指着对方然后开枪。沈澄打了陈永仁的胳膊，陈永仁打了沈澄的腿，沈辰痛苦的走到陈永仁身边，问他为什么不打他的头，陈永仁说他刚才没有瞄准。事实上此时沈澄怀疑陈永仁的身份，警察在必要时才会开枪，只会制服而不是要命。
如果陈永仁是一个坏人，他刚才会开枪爆他的头，就在两人僵持的时候，杨锦荣冲了过来，他不但没救人，反而让沈城杀了陈永仁，这样他就能省下一颗子弹。陈永仁无奈的说你，怎么能这样当警察呢？听了这话，沈澄也明白了两人的身份，大家都是自己人。沈澄是内地专门派来联系韩琛的卧底警察，杨锦荣是1991年和陈永仁同一所学校的校友，但他的成绩一直排在第二位。陈永仁成为卧底，他成为了学校的第一名。这里的对话很有趣。三人确定身份后，杨锦荣对沈澄说下周到北京聚聚，对应杨锦荣之前对刘建明说的话，他放假一个月，这个月他去了北京，错过了无间道一的故事。
沈澄说他做完这件事就不干了，事实上他变相承认卧底行动失败了，不可能再见到韩琛，所以他直接回内地，等韩琛挂了后又回到香港，配合杨锦荣没局，完全是因为对陈永仁的欣赏。
最后当杨锦荣问起沈城的真名时，他只能回答他的代号是影子，这表明他的身份不能透露，级别很高，就连杨锦荣也无权知道。
时间又回到了2003年安保科办公室，刘建明正在自豪地播放录音，里面是他和韩琛的电话录音。现在事情已经明了，刘建明是韩琛派到警察局的卧底。此时的刘建明不但不慌张，反而对杨锦荣说刘建明：这是你最后的机会，大家都震惊了。
当张警官想逮捕他时，刘建明还没有走出陈永仁的角色，不停的问他为什么要帮助他，我们是来抓刘建明的。这时沈澄又拿出一盒录音带，是杨锦荣进刘建明办公室拿出来的，里面还有韩琛和他的电话录音。
听到这里刘建明分裂的人格又恢复了，于是他开始咆哮我努力帮你们除掉韩琛的卧底，为什么不给我机会，我只想成为一个好人。这时杨锦荣说了一句：刘建明永远不会忘记的话，对不起我是警察。
这句话让刘建明瞬间想起了陈永仁，他迅速转身向杨锦荣开枪，杨锦荣立即开枪反击。但由于两人的立场不同，杨锦荣是警察，开枪只会制服对方，不会打头，而刘建明的心仍然是一个卧底，想要刀人。
最后杨锦荣被刘建明打死，一枪打中心脏，一枪打中梅心。死法和陈永仁在电梯里死去的场景完全一样，就像第二次暗杀倪坤的枪法一样，沈澄开枪打倒了刘建明。看着杨锦荣倒在地上的杨锦荣，心里充满了遗憾和不情愿，被打倒的刘建明，看着倒在地上的杨锦荣流下了眼泪，原来他一直是坏人，开枪总是为了杀人，他无法逃脱无间地狱，开枪自杀，随后他被送往医院接受治疗。虽然他获救了，但他成为一个植物人。
因为子弹穿透了他的上颚，他的大脑受到了严重的损伤。刘建明的办公室里，到处都是他和所有内鬼的信息。
回到2002年10月，陈永仁殉职，10天后杨锦荣和沈澄在屋顶上向他们致敬。虽然他们死了，但韩琛派往警察局的内鬼还没有被抓住，事情还没有完成。他们决定一起工作。这是职责，也是为了给陈永仁一个交代。几个月后在医院里刘建明坐在轮椅上痴呆的看着前妻，但前妻不是他的真爱，他一生只爱他的初恋。
在第二部中韩琛的妻子正是她，把刘建明送进了无间地狱。最后他的前妻告诉他他的女儿会叫爸爸然后转身离开。刘建明还是没有反应手里敲着摩斯密码。你们知道刘建明敲击的内容是什么吗？别问我我也不知道。